Pôvodný kostol pochádzajúci z roku 1230 bol typickou jednoloďovou stavbou. V rokoch 1502-15 bol chrám rozšírený na trojloďový objekt a získal neskorogotickú podobu. Počas svojej existencie kostol niekoľkokrát zachvátil požiar. Po pravdepodobne najväčšom požiari v roku 1788 bol postavený vstupný klasicistický portál. V päťdesiatich rokoch minulého storočia kostol prešiel generálnou opravou, výsledkom ktorej bola nová travertínová dlažba, omietka, maľba, farebné okná, rozhlas, či Krížová cesta. V interiéroch sa nachádzajú plastiky z diela Majstra Pavla z Levoče, ale aj ďalšie hodnotné fragmenty v gotickom slohu. K najpozoruhodnejšími pamiatkami kostola patrí hlavný oltár sv. Mikuláša, ktorý je symbiózou gotického a barokového umenia. Vďaka svojim rozmerom: dĺžka 54,7m, šírka 34m a výška 16m patrí kostol svätého Mikuláša v Prešove k najkrajším monumentálnym stavbám neskorej gotiky na Slovensku.