Gróf Pavol IV. Pálfi začal na našom území s rozsiahlou rekatolizáciou a prestavbou renesančného kaštieľa v Malackách na františkánsky kláštor, ku ktorému nechal pristavať kostol s rozsiahlymi podzemnými kryptami. Veľkoleposť hlavného oltára. pochádza z prvej polovice 18. storočia. Celý je vyrezávaný z dreva, kolorizovaný a bohato pozlátený. Takisto ako chrám je zasvätený Nepoškvrnenému Počatiu Panny Márie. V juhozápadnej časti kostola je umiestnená kaplnka Svätých schodov.